2007年《物權(quán)法》規(guī)定，“使用水域、灘涂從事養(yǎng)殖和捕撈的權(quán)利為獨立的用益物權(quán)”，先進次在我國民事基本法律中厘清了漁民與水域灘涂的權(quán)屬關(guān)系，意味著漁民使用水域灘涂從事養(yǎng)殖和捕撈適用于物權(quán)保護措施，這是我國漁業(yè)法制建設(shè)史上的一件大事，對促進漁業(yè)持續(xù)健康發(fā)展意義重大。但漁民權(quán)益得到保護還需要權(quán)利意識的樹立和保護權(quán)利機制的進一步完善，因此需要建立完善漁業(yè)權(quán)制度。

一是完善養(yǎng)殖證制度。為加快漁業(yè)權(quán)物權(quán)化進程，農(nóng)業(yè)部2003年印發(fā)《關(guān)于完善水域灘涂養(yǎng)殖證制度試行方案》。在具體執(zhí)行中，一些地方將養(yǎng)殖證發(fā)給水域所屬的村，也有一些地方直接將養(yǎng)殖使用證發(fā)給養(yǎng)殖者。目前，完善水域灘涂養(yǎng)殖確權(quán)制度，應(yīng)本著穩(wěn)定養(yǎng)殖承包經(jīng)營權(quán)，調(diào)動經(jīng)營主體投入的積極性的原則，將養(yǎng)殖證直接發(fā)放給養(yǎng)殖者，以穩(wěn)定和完善漁業(yè)基本經(jīng)營制度。

二是創(chuàng)新捕撈許可制度。捕撈權(quán)的表現(xiàn)形式就是捕撈許可證。我國長期實行捕撈許可證制度，但隨著資源緊張和競爭加劇，捕撈權(quán)益受損害的現(xiàn)象也屢見不鮮。嚴格執(zhí)行漁船、主機功率“雙控”制度，加強船網(wǎng)等主要生產(chǎn)要素監(jiān)管，切實控制捕撈強度：建立注冊驗船師隊伍，強化漁船檢驗和報廢制度；積極探索市場經(jīng)濟條件下捕撈配額管理的有效機制和途徑。

三是保護重要漁業(yè)水域資源，控制征用或占用規(guī)模，制定水域灘涂征用或占用補償辦法，妥善安置漁(農(nóng))民，保障漁(農(nóng))民合法權(quán)益。對一些涉水項目損害漁業(yè)權(quán)的情況，應(yīng)給予漁業(yè)權(quán)人合法的補償，涉水項目必須經(jīng)過環(huán)評論證。一些地方參照土地承包經(jīng)營權(quán)確定的補償辦法和標準制定出臺了漁業(yè)水域占用補償實施辦法，在這方面已經(jīng)探索出新路。