在人工育苗期間，扇貝幼蟲很容易感染細(xì)菌和真菌，引起大批死亡。

細(xì)菌病常見的有弧菌，有一種鰻弧菌專營分解有機(jī)體，在很短的時(shí)間內(nèi)使幼體面盤分解，這種病狀特別是在采卵后的5-7天內(nèi)發(fā)生，蔓延極快，6-8小時(shí)能致死全部幼蟲。目前這種病原細(xì)菌引起的疾病一旦發(fā)現(xiàn)尚無治療的方案，只能預(yù)防。預(yù)防方法：增強(qiáng)親貝育肥時(shí)的體質(zhì)，每天倒池育肥，徹底清除細(xì)菌病原地，幼蟲培育時(shí)勤倒池(3天倒池一次)，倒池后用高錳酸鉀，消毒清理池底。

假單胞桿菌屬和氣單胞桿菌，這些細(xì)菌平時(shí)蘊(yùn)藏在海水、底泥、池底污染物，動(dòng)物的體表或消化道內(nèi)都可能找到，條件一旦適宜便大量繁殖侵入扇貝幼蟲或稚貝的組織中成為致病菌。受感染的幼蟲下沉至池底，面盤纖毛短缺不齊，活動(dòng)能力減弱，不久就大批死亡。在顯微鏡下可見幼蟲組織內(nèi)發(fā)現(xiàn)潰瘍甚至分解。此病治療效果不顯著，預(yù)防方法：清除培育池底代謝物及殘餌，防止引起細(xì)菌繁殖。

在幼蟲培育時(shí)常有一種霉菌和真菌感染幼體足肌部分，這種病情常在幼蟲殼長168微米后發(fā)現(xiàn)，病菌感染緩慢，在顯微鏡下很清楚見到幼體生長發(fā)育時(shí)殼長、殼高不斷增長，內(nèi)部器官也正常發(fā)育，但足肌特別是足蹠部分開始潰爛，失去爬行功能，在眼點(diǎn)幼蟲后期，出現(xiàn)幾率高，面盤開始萎縮退化，而足肌潰爛，使幼蟲下沉死亡。

目前對于海水中的細(xì)菌處理尚無很好辦法，采取預(yù)防的措施是主要的，經(jīng)常徹底清理池底，消毒池底，勤倒池，除此之外最有效的辦法是用紫外線消毒海水。