蚯蚓的消化系統(tǒng)是由較發(fā)達的消化管道和消化腺組成。消化管道即由口腔、咽、食道、嗦囊、砂囊、胃、腸（小腸、盲腸、直腸）、肛門所構成，但基本上就是從口延伸至肛門的管道。口腔為口內側的膨大處，較短，位于圍口囊的腹側，只占有第二或先進至第二體節(jié)。腔壁很薄，腔內無顎和牙齒，不能咀嚼食物，但有接受、吸吮食物的作用。口腔之后為咽，咽壁具有很厚的肌肉層，它向后延伸到約第六體節(jié)處?？谇粌缺诤脱实纳掀ぞ采w有角質層。咽外部具有很多輻射狀的肌肉與體壁相連，咽腔的擴大或縮小或外翻均靠肌肉的收縮來完成，便于蚯蚓取食。所以，一般蚯蚓喜歡吞食濕潤、細軟的食物，而干燥、大而堅硬的食物較難以食取。一些大型陸棲蚯蚓，如正蚓科環(huán)毛叫屬和異唇蚓屬的種類，在咽背壁上有一團灰白色、葉裂狀的腺體，即咽腺。它可分泌含有蛋白酶、淀粉酶的消化液?？梢娧食哂袛z食、貯存食物的功能外，還具有消化作用。

緊接咽后部的細管即為食道。水棲蚯蚓，食道具有鈣腺，其形態(tài)、數(shù)量和位置常隨種類而異。鈣腺也是分類上的重要依據(jù)之一。通常鈣腺系食道壁左右兩側突出的一對或多對囊狀腺體。業(yè)已證明，鈣腺在酸堿度調節(jié)中具有重要的作用。它能維持消化系統(tǒng)的正常機能，穩(wěn)定氫離子濃度，有助于消化酶和消化道內共生的有益微生物的活動，并且對體內二氧化碳的排出也有重要作用。

嗦囊為食道之后一個膨大的薄壁囊狀物。它有暫時貯存和濕潤、軟化食物的功能，也有一定的過濾作用，還能消化部分蛋白質。某些種類缺乏嗦囊和砂囊。

在嗦囊之后，緊接的是堅硬而呈球形或橢圓形的砂囊，即所謂的“胃”。有些蚯蚓僅具 1 個砂囊，占 1 或多個體節(jié)。通常陸棲蚯蚓均具砂囊。砂囊具有極發(fā)達的肌肉壁，其內壁具有堅硬的角質層。在砂囊腔內常存有砂粒。因砂囊的肌肉強收縮、蠕動，可使食物不斷地受到擠壓，加上堅硬的角質膜和砂粒的研磨，食物便逐漸變小、破碎，最后成為漿狀食糜，便于吸取。砂囊的存在，是蚯蚓為適應在土壤中生活的結果。砂囊之后，便是一段狹長而多腺體的管道，稱為胃（被心臟和貯精囊包圍著，有時又稱為小腸）。因胃壁上具有腺體，能分泌淀粉酶和蛋白酶，故胃是蚯蚓重要的消化器官。

胃之后緊接一段膨大而長的消化管道是小腸，有時又稱為大腸。其管壁較薄，最外層為黃色細胞形成的腹膜臟層，中層外側為縱肌層，內側為環(huán)肌層，最內層為小腸上皮。這些上皮細胞由富有顆粒及液泡的分泌細胞和長形、錐狀的消化細胞組成，可以分泌含有多種酶類的消化液，并吸收消化后的營養(yǎng)。小腸沿背中線凹陷形成盲道，這有助于小腸的消化和吸收。但水棲種類無此構造。大部分的食物消化和吸收都在腸中進行。

環(huán)毛蚓屬的種類，在 X X Ⅳ體節(jié)處小腸側面常有 1 對盲腸。此腸與小腸相通，并分泌多種消化酶，例如蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶、纖維素酶，幾丁質酶等等。小腸后端狹窄而薄壁的部分為直腸，它一般無消化作用，其功能是使已被消化吸收后的食物殘渣變成蚓糞而經此通向肛門，排出體外。