連作加劇了病害

受到利益、環(huán)境等因素的影響，人們很難完全避免連作，由此便破壞了棚室土壤中的營養(yǎng)平衡，導(dǎo)致土壤惡化，積聚的病原菌越來越多，像根腐病、枯萎病等病害迅速增加，使產(chǎn)量下降，影響收成。

管理跟不上病害加重的速度

多數(shù)種植戶都采取多種蔬菜混種的方式，勞動量大，管理難度大，導(dǎo)致病害混合交叉，種植戶對病害的管理無法達到防治目標，化學藥劑的過量使用導(dǎo)致病害加劇，不僅增加了成本，也影響無公害生產(chǎn)目標。

氮肥的過量撒施破壞土壤平衡

一直以來，我國菜農(nóng)都沿襲經(jīng)驗施肥，導(dǎo)致農(nóng)家肥的數(shù)量嚴重超標，連續(xù)多年的過量施肥破壞了土壤平衡，導(dǎo)致蔬菜品質(zhì)降低，影響無公害蔬菜的生產(chǎn)。

有害氣體的威脅加重

棚室栽培中會產(chǎn)生氨氣與二氧化碳，尤其是施肥的深度不夠會導(dǎo)致大量的氨氣產(chǎn)生，從試驗數(shù)據(jù)來看，如果棚室內(nèi)的氨氣含量達到5mg/L，會傷害到葉片與生長點而一次性撒施的氮肥量過大的話會使蔬菜產(chǎn)生生理障礙，導(dǎo)致植株枯萎，阻礙蔬菜生長，降低蔬菜的整體品質(zhì)。

低溫產(chǎn)生的影響

溫度對棚室蔬菜的重要性毋庸置疑，一旦光照與溫度分布不均，則會產(chǎn)生較大的晝夜溫差，導(dǎo)致冷風人侵，植株受到低溫影響，出現(xiàn)黃花、葉枯等病害，大部分蔬菜成為無頭株，品質(zhì)下降。

棚室蔬菜種植結(jié)構(gòu)不合理

從當前棚室蔬菜的種植情況來看，種類單一，以黃瓜、豆角等常見蔬菜為主，但人們的生活質(zhì)量在不斷提高，人們對蔬菜種類的要求在不斷提高，對無公害蔬菜的要求也在提高，相比之下，東北菜市場的品種單一，很多特殊品種較少，沒有形成規(guī)模種植，不利于市場供應(yīng)，影響農(nóng)民的經(jīng)濟收入。

過度采用高劑量農(nóng)藥

不可否認，隨著研究技術(shù)的發(fā)展，農(nóng)藥的效果更加明顯，提高了蔬菜生產(chǎn)量，但是由于農(nóng)藥使用不當，越來越多的高毒、高殘留農(nóng)藥開始出現(xiàn)，導(dǎo)致生產(chǎn)出的蔬菜危害人們的健康，破壞生態(tài)平衡，型至使人與牲畜中毒。