1、養(yǎng)分
由于原材料本身養(yǎng)分低或發(fā)酵生產(chǎn)工藝原因，有些企業(yè)的有機肥發(fā)酵出來，其養(yǎng)分并不合格，加上有些廠連化驗室都沒有，一批產(chǎn)品就這樣進入了市場。
2、pH值
在發(fā)酵過程中，pH變化較大，如果發(fā)酵過程控制不好，有可能發(fā)酵出來會發(fā)現(xiàn)pH在8.5以上，或5.5以下。特別是過酸的產(chǎn)品會導致農(nóng)作物生長受阻或死亡。
3、氯離子含量
4、含鹽量
一般來說，生活污泥、廚余垃圾等原料的鹽分較高，不耐鹽的作物會出現(xiàn)黃葉、掉葉、萎蔫、死亡等現(xiàn)象。
5、陽離子交換量
沒有腐熟的有機肥甚至是曬干就賣的糞便，其陽離子交換量極低，起不到應有的緩沖效果，相反，還會危害土壤本身的緩沖效果，造成作物生長障礙。
6、腐植酸
新鮮原料幾乎不含有腐植酸，腐植酸是在有機肥發(fā)酵生產(chǎn)過程中不斷產(chǎn)生的，以高溫發(fā)酵（大于50℃）尤為明顯。腐植酸可提高作物抗逆性，促產(chǎn)，促萌發(fā)。
7、小分子脂肪酸
一般來說，小分子脂肪酸存在于未腐熟的物料中，如新鮮雞糞等。其所帶來的危害是：小分子脂肪酸會抑制種子萌發(fā)，會抑制根系生長。
8、重金屬
重金屬會在植物中積累，最終通過食物鏈集中到人身上，對人造成傷害。同時重金屬也會對農(nóng)作物的生長造成損害。
9、有害微生物
很多廠家有機肥生產(chǎn)過程中，由于工藝水平原因，未能達到一定溫度，大部分蛔蟲卵、大腸菌群等未能大部分殺滅，這就影響了作物健康生長。
